Skip to content

Accueil > Thèmes de recherche > Améliorer le diagnostic en paléoparasitologie

Améliorer le diagnostic en paléoparasitologie

L’utilisation de la microscopie optique dans les analyses paléoparasitologiques présente des limites essentiellement au niveau diagnostique. Le manque d’information sur la morphologie et la morphométrie d’un certain nombre d’œufs les moins courants, de même que les caractéristiques parfois très proches au sein d’un même genre, sont à l’origine de ces limites. Pour ces raisons, l’équipe de paléoparasitologie du laboratoire chrono-environnement cherche à améliorer le diagnostic des parasites anciens par divers moyens. Immunologie, biologie moléculaire, et approche micromorphométrique des œufs sont des outils actuellement développés à Besançon.

L’utilisation de l’immunologie pour la détection des parasites en contexte archéologique n’est pas nouvelle. Elle concerne uniquement certains protozoaires intestinaux d’importance médicale actuelle pour lesquels la détection en microscopie n’est pas idéale. Les équipes de paléoparasitologie française, d’abord à Reims, et aujourd’hui à Besançon, se sont positionnées sur cette thématique depuis le milieu des années 2000, et nous mettons en œuvre l’immunologie de manière régulière pour compléter les données acquises par microscopie optique. Nos études portent jusqu’à présent sur deux parasites, Entamoeba histolytica et Giardia intestinalis.

La biologie moléculaire est quant à elle un outil qui en théorie offre toutes les solutions du point de vue du diagnostic. En outre, elle offre la possibilité d’étudier l’évolution des génomes parasitaires, permettant ainsi de répondre aux questions d’adaptations écologiques des parasites au cours du temps. Entre 2012 et 2015, la Région Franche-Comté a financé une bourse doctorale dans le domaine de la paléogénétique appliquée à la paléoparasitologie. Ce travail réalisé en collaboration avec l’équipe Épigénome et Paléogénome de l’Institut Jacques Monod de Paris a conduit à développer une approche de génotypage, combinant la sensibilité et la spécificité de la PCR au séquençage à haut-débit, et permettant la caractérisation d’une grande diversité de taxons à partir d’échantillons environnementaux complexes. Des résultats ont été obtenus sur des échantillons archéologiques allant du Néolithique à la Première Guerre Mondiale (N. Côté, 2015). Cette approche novatrice dans la diversité des taxons recherchés est une avancée importante pour la paléoparasitologie qui doit maintenant se développer.
Cependant, aucun de ces outils ne permet pour le moment une mise en évidence exhaustive des parasites anciens, et les approches couplées doivent être privilégiées dans la mesure des moyens à disposition. Ainsi, nous continuons à employer la microscopie optique, et nous tentons d’améliorer son utilisation. En combinant la prise de mesures précises au niveau de la coque des œufs conservés avec les statistiques, nous espérons parvenir à augmenter la précision diagnostic en microscopie optique. Dans une étude récente sur des échantillons provenant de soldats de la Grande Guerre, nous avons découvert des œufs de capillaridés d’origine animale. Les mesures précises des œufs, la description fine des ornementations sur les coques et l’emploi de la classification ascendante hiérarchique (CAH) ont permis de proposer une identification pour ces œufs.

Bibliographie en lien :

Cote, N.M., Daligault, J., Pruvost, M., Bennett, E.A., Gorge, O., Guimaraes, S., Capelli, N., Le Bailly, M., Geigl, E.M., Grange, T., 2016. A New High-Throughput Approach to Genotype Ancient Human Gastrointestinal Parasites. PLoS One 11, e0146230.
Le Bailly, M., Landolt, M., Mauchamp, L., Dufour, B., 2014. Intestinal parasites in First World War German soldiers from "Kilianstollen", Carspach, France. PLoS One 9, e109543.
Le Bailly, M., Maicher, C., Dufour, B., 2016. Archaeological occurrences and historical review of the human amoeba, Entamoeba histolytica, over the past 6000 years. Infect Genet Evol 42, 34-40.