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Paléoparasitologie moléculaire

Nathalie Coté, depuis peu docteur en paléoparasitologie de l’Université de Bourgogne Franche-Comté, a co-publié un article sur l’utilisation de la paléogénétique dans la détermination des parasites anciens dans la revue internationale « PLoSONE ». Les parasites gastro-intestinaux sont de bons indicateurs des conditions d’hygiène et de l’état de santé des individus et des communautés humaines et animales, passées et présentes. Dans les sédiments archéologiques, l’analyse des œufs d’helminthes apporte des informations d’ordre médical et social, sur les habitudes alimentaires, l’organisation des sites archéologiques, ou encore sur la gestion des déchets organiques. Cependant, l’utilisation de la microscopie pour leur détermination présente des limites, le diagnostic au niveau de l’espèce n’étant possible que dans de rares cas. L’article publié par Nathalie Côté, issu de son travail de thèse, s’inscrit dans cette volonté d’augmenter la précision diagnostique en paléoparasitologie. Le choix a été fait d’utiliser une approche par PCR multiplex associée à du séquençage haut-débit. Cette méthode, mise au point au sein de l’équipe "Epigénome et Paléogénome" de l’institut Jacques Monod à Paris, a été appliquée à une cinquantaine d’échantillons archéologiques datés entre 7200 ans et le XXe siècle de notre ère, provenant de sites français, espagnols, suisses ou iraniens. Les résultats montrent une bonne efficacité de cette approche pour la détermination des espèces, même en l’absence d’œufs conservés, et prouvent l’intérêt d’une approche couplée microscopie/paléogénétique pour les études paléoparasitologiques. La génétique permet par ailleurs d’identifier des variations génétiques, laissant entrevoir des perspectives pour des études sur la phylogénie et l’histoire naturelle des parasites.

Côté N.M., Daligault J., Pruvost M., Bennett E.A., Gorgé O., Guimaraes S., Capelli N., Le Bailly M., Geigl EM., Grange T. 2016. A New High-Throughput Approach to Genotype Ancient Human Gastrointestinal Parasites. PLoS One 11(1) : e0146230. doi : 10.1371/journal.pone.0146230.
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Contact : Matthieu Le Bailly