Paléoparasitologie

Du nouveau pour le Néo : La Draga.

Matthieu Le Bailly — 2017-06-14T09:54:13Z

Dans le cadre de son travail de doctorat, Céline Maicher publie un article dans la revue internationale The Holocene, en collaboration avec des collègues de Barcelone (Espagne), Sherbrooke (Canada), Toulouse et Besançon, sur l'étude paléoparasitologique du site Cardial de La Draga (Espagne).
Le site de La Draga correspond à un village lacustre néolithique localisé en Catalogne (5320-4980 cal. BC), en bordure du lac de Banyoles. Découvert au début des années 1990 au cours d'aménagements des berges du lac le site est toujours en cours de fouille. Le caractère exceptionnel de ce site tient de l'excellente conservation des vestiges archéologiques, couplée à la rareté des villages palafittiques retrouvés dans la péninsule ibérique. C'est le premier site Cardial étudié en paléoparasitologie.
En 2012, le groupe de paléoparasitologie de Chrono-environnement a été intégré à l'équipe pluridisciplinaire travaillant sur le site, et une campagne de prélèvement a été effectuée par Alizé Hoffmann (co-auteur de l'article et actuellement en thèse à Toulouse) sur un des secteurs mis au jour. Un total de 72 échantillons pour une surface de fouille de 56 m² ont été analysés. Sept taxons de parasites intestinaux, aussi bien de l'homme que des animaux, ont pu être observés dans la quasi-totalité des échantillons. Le nombre important de marqueurs parasitaires, leur excellent état de conservation, ainsi que la répartition homogène des prélèvements sur le site ont conduit à un essai de spatialisation des données paléoparasitologiques. Le but était de mettre en évidence d'éventuelles zones de concentration de restes parasitaires, liées à des activités de dépôts de déchets ou encore des zones de parcage du bétail. L'analyse des données par krigeage, une méthode d'interpolation adaptée à nos résultats, a permis de mettre en évidence une zone de concentration en œufs de parasites d'origine humaine à proximité d'une habitation, attestant alors d'une volonté de gestion de la matière fécale (Maicher et al., 2017). Un travail comparable réalisé sur les données palynologiques dans le même secteur corrobore ces observations (Revelles et al., 2017). Ce premier essai concluant de spatialisation des données atteste de l'importance d'un échantillonnage homogène et régulier pour les sites de cette nature.

Maicher, C., Hoffmann, A., Côté, N.M., Pérez, A.P., Segui, M.S., Bailly, M.L., 2017. Paleoparasitological investigations on the Neolithic lakeside settlement of La Draga (Lake Banyoles, Spain). The Holocene (Lire l'article).
Revelles, J., Burjachs, F., Morera, N., Barceló, J.A., Berrocal, A., López-Bultó, O., Maicher, C., Le Bailly, M., Piqué, R., Palomo, A., Terradas, X., 2017. Use of space and site formation processes in a Neolithic lakeside settlement. Pollen and non-pollen palynomorphs spatial analysis in La Draga (Banyoles, NE Iberia). J. Archaeol. Sci. 81, 101–115 (Lire l'article).

Crédits photos : A. Hoffmann & C. Maicher.

Visite chez les collègues français

Matthieu Le Bailly — 2016-11-28T09:12:04Z

Dans le cadre du programme CAPES-COFECUB entre le Muséum National d'Histoire Naturelle et les équipes de paléoparasitologie de Rio de Janeiro et de Besançon, Mônica Vieira de Souza, étudiante en thèse à l'Institut Fiocruz, est en France pour cinq mois. Au cours de son séjour, elle a travaillé sur la systématique des oxyuridés, encadrée par Jean-Pierre Hugot et Coralie Martin, deux spécialistes des nématodes.
Jusqu'en Décembre, Mônica est installée à Besançon et travaille avec le groupe de paléoparasitologie du laboratoire Chrono-environnement (Université de Bourgogne Franche-Comté). Elle profite de son passage chez nous pour se former à nos techniques d'extraction et d'analyse des parasites anciens. Elle séjournera ensuite deux mois supplémentaires sur Paris avant de retourner au Brésil pour y terminer sa thèse.
Pour accéder à l'interview de Mônica par Estelle Franc (notre chargée de communication et infographiste) lors de son passage à Chrono-environnement, cliquez ici.

Photo : E. Franc

Le sarcophage gallo-romain de Jaunay-Clan

Matthieu Le Bailly — 2016-11-16T13:11:16Z

Le numéro d'octobre 2016 de la revue The Korean Journal of Parasitology est consacré à la paléoparasitologie, l'étude des restes de parasites préservés dans les sites archéologiques et paléontologiques. Dans ce volume, Benjamin Dufour publie les résultats d'une étude réalisée au cours de sa thèse de doctorat sur des échantillons prélevés sur un squelette humain d'époque romaine.
Retrouvé en 2014 lors de fouilles menées à Jaunay-Clan (région de la Vienne, France) et dirigées par Maxence Segard, un des co-auteurs de cet article, ce squelette était contenu dans un sarcophage en plomb. La bonne conservation du corps fut l'occasion de constituer un groupe de recherche pluridisciplinaire. Ainsi, des spécialistes de la génétique, de l'étude des textiles, de la palynologie, de la chimie et de la parasitologie, se sont associés à ceux de l'archéologie et de l'anthropologie pour étudier le sarcophage et son contenu.
Au cours de l'étude paléoparasitologique réalisée à Besançon (laboratoire Chrono-environnement), des œufs de trichocéphale ( Trichuris trichiura ) ont été mis en évidence. Bien que ce parasite soit l'un des plus couramment identifié dans les échantillons archéologiques, et largement installé en Europe de l'ouest depuis la période néolithique, cette découverte représente l'un des rares cas de mise en évidence du parasite dans un squelette humain de l'époque romaine (Lire l'article complet).
Dans le même volume de KJP, huit autres articles sont disponibles issus de plusieurs spécialistes de la paléoparasitologie dans le monde.

Preface for Special Section on Paleoparasitology, by Jong-Yil Chai, Min Seo, Dong Hoon Shin. DOI : https://doi.org/10.3347/kjp.2016.54.5.553
Detection Trend of Helminth Eggs in the Strata Soil Samples from Ancient Historic Places of Korea, by Min Seo, Jong-Yil Chai, Myeung Ju Kim, Sang Yuk Shim, Ho Chul Ki, Dong Hoon Shin. DOI : https://doi.org/10.3347/kjp.2016.54.5.555
Ancient Human Parasites in Ethnic Chinese Populations, by Hui-Yuan Yeh, Piers D. Mitchell. DOI : https://doi.org/10.3347/kjp.2016.54.5.565
The Paleoparasitology in Brazil and Findings in Human Remains from South America : A Review, by Shênia Patrícia Corrêa Novo, Luiz Fernando Ferreira. DOI : https://doi.org/10.3347/kjp.2016.54.5.573
Prehistoric Pathoecology as Represented by Parasites of a Mummy from the Peruaçu Valley, Brazil, by Karl J Reinhard, Adauto Araújo. DOI : https://doi.org/10.3347/kjp.2016.54.5.585
Temporal and Spatial Distribution of Enterobius vermicularis (Nematoda : Oxyuridae) in the Prehistoric Americas, by Karl J. Reinhard, Adauto Araújo, Johnica J. Morrow. DOI : https://doi.org/10.3347/kjp.2016.54.5.591
Assessing the Archaeoparasitological Potential of Quids As a Source Material for Immunodiagnostic Analyses, by Johnica J. Morrow, Karl J. Reinhard. DOI : https://doi.org/10.3347/kjp.2016.54.5.605
Traditional Living Habits of the Taz Tundra Population : A Paleoparasitological Study, by Sergey Mikhailovich Slepchenko, Sergey Nikolaevich Ivanov, Bagashev Anatoly Nikolaevich, Tsybankov Alexander Alekseevich, Slavinsky Vyacheslav Sergeyevich. DOI : https://doi.org/10.3347/kjp.2016.54.5.617

Crédits photos : B. Dufour.

Megiddo (Israël), une collaboration de longue date

Matthieu Le Bailly — 2016-09-12T09:39:17Z

En 2010, Matthieu Le Bailly (Université de Franche-Comté/UMR Chrono-environnement) bénéficie du programme les « Mois chercheurs » du Centre de Recherche Français à Jérusalem (CRFJ). Ce séjour est l'occasion de prendre des contacts avec plusieurs collègues archéologues israéliens et de travailler sur des échantillons issus de nombreux sites locaux.
Parmi ces études, des échantillons de sédiments et de concrétions sont analysés, prélevés dans une structure en creux retrouvée sur le site de Megiddo. Une étude pluridisciplinaire est alors mise en œuvre, coordonnée par Dafna Langgut. Le laboratoire chrono-environnement s'occupe des analyses paléoparasitologiques.Seuls quelques œufs (assez mal conservés) de Trichuris sp. sont mis en évidence.
Ils représentent un des rares résultats pour Israël, mais aussi font partis des plus anciens résultats dans cette région du globe.
Cette étude pluridisciplinaire est publiée ce mois-ci dans the Journal of Archaeological Science : Reports.
Lien vers l'article : http://dx.doi.org/10.1016/j.jasrep.2016.08.013

La Grande Rivoire 2.0

Matthieu Le Bailly — 2016-08-26T12:55:23Z

Le site de la Grande Rivoire est un abri-sous-roche localisé dans le Vercors et implanté à environ 600 m d'altitude. Il est découvert en 1986 et fouillé plus intensivement depuis le début des années 2000. Son intérêt archéologique tient de son témoignage exceptionnel d'une activité humaine intense à cet endroit depuis le Mésolithique moyen (8000 av. J.C.) jusqu'à la fin du Néolithique (2200 av. J.C.), et ce sur une colonne stratigraphique de plus de 5 m d'épaisseur.

En 2006 et 2009, deux études préliminaires sur 30 échantillons provenant des couches néolithiques avaient été effectuées par Matthieu Le Bailly, alors au laboratoire de paléoparasitologie de Reims. Malheureusement, ces études ne furent pas concluantes, tous les prélèvements s'étant avérés négatif à la présence de parasites intestinaux. Cette étude avait été entreprise afin de vérifier l'hypothèse de l'utilisation de l'abri-sous-roche comme bergerie, hypothèse appuyée par différentes analyses archéologiques. Néanmoins l'épandage récurrent de cendre sur le sol, attesté par les études sédimentaires, pourrait être responsable de la non-conservation des restes parasitaires, n'offrant pas de bonnes conditions taphonomiques.
Dans le cadre de la thèse en paléoparasitologie de Céline Maicher débutée en octobre 2015 à Besançon, un nouvel essai sur une série de 30 échantillons est toutefois entrepris. C'est à l'occasion d'une visite du site en Aout dernier que les échantillons ont été prélevés, cette fois ciblés sur la transition Mésolithique-Néolithique. Le but est de vérifier si les assemblages parasitaires qui, nous l'espérons, seront mis en évidence pourraient être le témoin d'un passage d'un mode de vie chasseur-cueilleur vers une économie de subsistance plus pérenne avec la mise en place de l'élevage.
Si les résultats s'avéraient concluants, cette nouvelle étude permettrait de mieux comprendre les modalités de changement des comportements alimentaires qui s'opèrent à cette période charnière dans le développement des sociétés.

Photos : C. Maicher.

Soldats et parasites : une autre guerre

Matthieu Le Bailly — 2016-07-13T09:17:09Z

La mise en évidence de parasites intestinaux chez les combattants de la Première Guerre Mondiale apporte un nouvel éclairage sur le quotidien de ces hommes. Ascaris, trichocéphale, ténia, mais aussi des vers liés à l'omniprésence des rats à proximité immédiate des soldats, sont les parasites qui ont été identifiés dans des échantillons humains provenant du Kilianstollen, une ancienne structure militaire allemande fouillée près de la ville de Carspach (Alsace, France). Cette découverte, somme toute logique à la vue des conditions effroyables de vie des soldats durant cette période, est une première dans le domaine de la paléoparasitologie.

A voir aussi :

Bibliographie en lien :

Le Bailly M., Landolt M., Bouchet F. 2012. First World War German Soldier Intestinal Worms : An Original Study of a Trench Latrine in France. Journal of Parasitology, 98 (6) : 1273-1275.
Le Bailly M., Landolt M., Mauchamp L., Dufour B. 2014. Intestinal parasites in First World War German soldiers from "Kilianstollen", Carspach, France. PlosOne 9 (10) : e109543. doi:10.1371/journal.pone.0109543.
Le Bailly M. 2014. Soldats et parasites : une autre guerre. ArchéoThéma 35 : 78-80.

Paléoparasitologie moléculaire

Matthieu Le Bailly — 2016-07-12T14:50:48Z

Nathalie Coté, depuis peu docteur en paléoparasitologie de l'Université de Bourgogne Franche-Comté, a co-publié un article sur l'utilisation de la paléogénétique dans la détermination des parasites anciens dans la revue internationale « PLoSONE ». Les parasites gastro-intestinaux sont de bons indicateurs des conditions d'hygiène et de l'état de santé des individus et des communautés humaines et animales, passées et présentes. Dans les sédiments archéologiques, l'analyse des œufs d'helminthes apporte des informations d'ordre médical et social, sur les habitudes alimentaires, l'organisation des sites archéologiques, ou encore sur la gestion des déchets organiques. Cependant, l'utilisation de la microscopie pour leur détermination présente des limites, le diagnostic au niveau de l'espèce n'étant possible que dans de rares cas. L'article publié par Nathalie Côté, issu de son travail de thèse, s'inscrit dans cette volonté d'augmenter la précision diagnostique en paléoparasitologie. Le choix a été fait d'utiliser une approche par PCR multiplex associée à du séquençage haut-débit. Cette méthode, mise au point au sein de l'équipe "Epigénome et Paléogénome" de l'institut Jacques Monod à Paris, a été appliquée à une cinquantaine d'échantillons archéologiques datés entre 7200 ans et le XXe siècle de notre ère, provenant de sites français, espagnols, suisses ou iraniens. Les résultats montrent une bonne efficacité de cette approche pour la détermination des espèces, même en l'absence d'œufs conservés, et prouvent l'intérêt d'une approche couplée microscopie/paléogénétique pour les études paléoparasitologiques. La génétique permet par ailleurs d'identifier des variations génétiques, laissant entrevoir des perspectives pour des études sur la phylogénie et l'histoire naturelle des parasites.

Côté N.M., Daligault J., Pruvost M., Bennett E.A., Gorgé O., Guimaraes S., Capelli N., Le Bailly M., Geigl EM., Grange T. 2016. A New High-Throughput Approach to Genotype Ancient Human Gastrointestinal Parasites. PLoS One 11(1) : e0146230. doi : 10.1371/journal.pone.0146230.
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Contact : Matthieu Le Bailly

Zoom sur l'amibe pathogène humaine

Matthieu Le Bailly — 2016-07-12T14:23:10Z

Retracer l'histoire de l'amibe pathogène humaine, Entamoeba histolytica, par la paléoparasitologie

Un article de synthèse sur les occurrences de l'amibe pathogène humaine, Entamoeba histolytica, en archéologie a été récemment publié dans la revue internationale Infection, Genetics and Evolution. Dans cet article, l'ensemble des données disponibles et 10 ans de recherches françaises sur le sujet sont exploités. Les chercheurs de Chrono-environnement Matthieu Le Bailly, Céline Maicher et Benjamin Dufour, montrent que ce parasite est un indicateur précieux pour étudier le passé des migrations humaines. Produisant des kystes trop fragiles pour être retrouvés par la microscopie, c'est par une approche en immunologie que l'amibe peut être détectée en contexte ancien. On en retrouve des traces depuis près de 6000 ans en Europe de l'Ouest. En revanche, pour le continent américain, les traces du parasite sont plus récentes et datent du XIIe siècle de notre ère, soulevant des questions sur son origine. Pour expliquer ces observations, plusieurs hypothèses de contacts précolombiens avec l'ancien monde sont discutées, parmi lesquelles l'hypothèse Viking.

Le Bailly M., Maicher C., Dufour B. 2016. Archaeological occurrences and historical review of the human amoeba, Entamoeba histolytica, over the past 6000 years. Infection, Genetics and Evolution 42 : 34-40.
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Contact : Matthieu Le Bailly

Visite chez les collègues brésiliens

Matthieu Le Bailly — 2016-07-12T12:37:20Z

Dans le cadre d'un programme CAPES-COFECUB une nouvelle collaboration a pu être mise en place entre les équipes de paléoparasitologie de Besançon (UMR Chrono-environnement) et de Rio de Janeiro (Institut Oswaldo Cruz), et le Muséum National d'Histoire Naturelle de Paris.
Un premier séjour au Brésil du 20 au 29 juin 2016 a été l'occasion de revoir de nombreux confrères et de travailler sur la question de l'oxyure de l'homme, Enterobius vermicularis, en archéologie. Ce parasite très commun encore aujourd'hui, est curieusement absent des assemblages paléoparasitologiques en Europe de l'Ouest. La biologie particulière des oxyuridés de même que la conservation des œufs fragiles, peuvent expliquer cette absence. D'autres méthodes de diagnostic sont donc à l'étude pour tenter de retrouver les traces de l'oxyure dans les échantillons anciens. L'expertise du docteur Alena M. Iñiguez et de son équipe dans ce domaine est une gage de qualité et de réussite dans ce projet.
Ce séjour fut également l'occasion de donner un cours aux étudiants en archéologie de l'Université d'état de Rio de Janeiro (UERJ), et de rencontrer une nouvelle fois le Professeur Luiz Fernando Ferreira, père fondateur de la paléoparasitologie.
Prochaine étape, l'accueil courant novembre à Besançon de Mônica Vieira, doctorante en paléoparasitologie, qui travaillera sur les macrorestes dans une série d'échantillons de notre collection.